Circularam na estação Sé em janeiro de 2021, considerando-se as entradas, saídas e transferências entre as Linhas 1-Azul e 3-Vermelha, cerca de 271 mil passageiros em dia útil. A pandemia reduziu o número de usuários no sistema metroviário, e ainda sim, a parada que fica no marco zero da capital paulista ainda detém o titulo da mais cheia da malha.
O local desde 1945, com a implantação do primeiro terminal de ônibus da cidade, foi se consolidando como ponto estratégico dos transportes da capital.
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Ao contrário das demais obras do metrô, iniciadas entre 1968 e 1971, as obras da estação Sé foram iniciadas apenas em 9 de fevereiro de 1974. A essa altura, o primeiro trecho do metrô estava em testes desde 1972 e prestes a ser inaugurado.
Em 26 de setembro de 1975 os trens da Linha Norte-Sul já passavam sob as obras da estação Sé. As obras foram concluídas no início de 1978, sendo que a estação da Linha Norte-Sul foi aberta, juntamente com a praça unificada e reurbanizada da Sé em 17 de fevereiro de 1978.
A estação da Linha Leste-Oeste foi aberta durante a inauguração desta linha em 10 de março de 1979. Em pouco tempo a estação se consolidou como a mais movimentada da rede do metrô, chegando a abrigar cerca de 600 mil pessoas passando diariamente pelo local.
