A Linha Tronco da Estrada de Ferro Sorocabana é uma das ferrovias mais importantes do estado de São Paulo, com mais de 800 km de extensão. Do total, 36 km são em bitola mista (1,00 e 1,60 m), enquanto o restante segue em bitola métrica, ligando a capital paulista a Presidente Epitácio, no extremo oeste do estado.
A construção do trecho inicial, de 110 km, ligando Sorocaba a São Paulo, começou em 13 de junho de 1872. Em 1874, o banco Deutsch Brasilianische Bankum — que viria a falir pouco tempo depois — concedeu um empréstimo para viabilizar a conclusão das obras. O primeiro trecho foi finalmente inaugurado em 10 de julho de 1875, contando com as estações de Sorocaba, Piragibu, Pantojo, São Roque (primeira estação do tipo, hoje sem trilhos após uma retificação de linha), Barueri, Barra Funda e São Paulo — esta última correspondente à atual Estação Júlio Prestes.
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Segundo o site Estações Ferroviárias, a EFS foi fundada em 1872, e sua linha-tronco seguiu se expandindo até 1922, ano em que finalmente atingiu Presidente Epitácio, às margens do Rio Paraná. Ao longo desse processo, a companhia também construiu diversos ramais e passou por uma sequência de trocas de proprietários e fusões.
Em 1892, a EFS foi fundida pelo governo com a Ytuana, ferrovia que na época já se encontrava à beira da falência. Em 1903, o governo federal assumiu o controle da companhia, que acabou sendo vendida ao governo paulista em 1905. O estado, por sua vez, arrendou a ferrovia em 1907 ao grupo do empresário Percival Farquhar — momento em que a Ytuana deixou de existir como entidade própria, com suas linhas totalmente incorporadas pela EFS.
Em 1919, diante da situação financeira precária do grupo arrendatário, o governo paulista retomou o controle da ferrovia, permanecendo como responsável até 1971, ano em que a EFS passou a integrar a recém-criada estatal FEPASA, resultado da fusão de diversas ferrovias paulistas.
Ainda de acordo com o Estações Ferroviárias, o trecho inicial da linha — que atendia primeiro até Mairinque e depois apenas até Amador Bueno — passou, desde a década de 1920, a atender principalmente trens de subúrbio. Com a criação da CPTM, em 1994, esse trecho passou a ser administrado pela nova companhia.
Os trens de passageiros de longo percurso continuaram circulando pela linha-tronco até 16 de janeiro de 1999, quando foram suprimidos pela concessionária Ferroban, sucessora da FEPASA. Apesar da interrupção do serviço de passageiros, a linha segue ativa até hoje para o transporte de cargas.
Mesmo após o fim dos trens de longo percurso na linha-tronco, Sorocaba continuou embarcando passageiros por meio da linha Sorocaba-Apiaí, que seguia pelo antigo ramal de Itararé. Esse serviço também acabou sendo suprimido, em 1º de março de 2001, encerrando de vez o transporte ferroviário de passageiros na região.