A ferrovia Santos-Juquiá, anteriormente conhecido como Ramal de Juquiá, foi inaugurada em 1915, sendo de bitola métrica (1 000 mm), que liga o Porto de Santos, com a cidade de Juquiá, passando por Itanhaém e Peruíbe. Em 1986, foi construída pela Fepasa a Extensão Juquiá-Cajati, prolongando a linha em 70 km, passando por Registro e chegando a Cajati.
Durante o século passado, havia o trânsito de trens entre a Barra Funda em direção a Juquiá. A operação dos trens era de uma forma inusitada: Em Samaritá, São Vicente, havia quatro conexões diárias, com o trem que vinha da Estação Barra Funda, quando vagões que vinham com a composição da Barra Funda eram transferidos para a composição que ia para Juquiá.
Década de 60 com grande movimento
Havia uma linha diária de trens de passageiros, saindo da Estação Ana Costa, em Santos e indo até Juquiá. Esta linha funcionou até 1997. Na Década de 1960, o fluxo era grande o suficiente pra haver 7 viagens partindo de Santos para Juquiá todo dia.
Sem movimento
A Rumo Logística declarou publicamente em meados de 2018 que estudos técnicos demonstraram que a reativação da Linha seria deficitária e causaria prejuízo. Assim, o representante da Rumo declarou que o Contrato de Concessão da Ferrovia seria quebrado trecho seria devolvido ao Governo Federal do Brasil, o que ocorreu em 2020, com a assinatura do contrato de prorrogação da concessão da Malha Paulista com a Rumo Logística até o ano 2058.