Mairinque é um município do interior paulista que integra a Região Metropolitana de Sorocaba e tem população em torno de 46 mil habitantes. Nos estudos iniciais para a implantação da ferrovia, ainda em 1892, a área onde hoje está a estação local era conhecida como Entroncamento, pois concentraria a conexão entre a linha que vinha da capital e o ramal Mairinque–Santos.
Até a década de 1990, a cidade chegou a ser atendida por trens metropolitanos da CPTM. Antes disso, até os anos 1970, os serviços ferroviários das antigas operadoras Estrada de Ferro Sorocabana e Fepasa faziam a ligação entre São Paulo e Mairinque, com São Roque como terminal.
A partir dos anos 1980, a Fepasa passou a manter um serviço regular entre Itapevi e Mairinque. No entanto, a baixa demanda — com estimativas de cerca de 1.500 passageiros por dia — levou à desativação do atendimento ferroviário em 1998, já sob operação da CPTM.
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Atualmente, o eixo ferroviário conta com serviços de trens apenas entre a capital paulista e Itapevi, e de Itapevi até Amador Bueno, com necessidade de troca de composições. O trecho que segue até Mairinque soma cerca de 27 quilômetros de extensão e permanece sem atendimento regular de passageiros.
A estação ferroviária de Mairinque foi construída e inaugurada pela Estrada de Ferro Sorocabana em 4 de julho de 1897, como ponto de conexão com a linha da Companhia Ytuana de Estradas de Ferro e, posteriormente, como origem do ramal Mairinque–Santos, inaugurado em 1937.
O prédio atual, inaugurado em 1906, é considerado o primeiro exemplar de arquitetura em concreto armado do Brasil e foi projetado pelo arquiteto francês Victor Dubugras. Já os serviços de trens suburbanos foram implantados na década de 1920, garantindo a ligação da região com a capital paulista por ferrovia.