A Estação Manuel Feio é a ante-penúltima da Linha 12-Safira, da Companhia Paulista de Trens Metropolitanos – CPTM, que liga o Brás até Calmon Viana, em Poa. Mas a parada já teve uma ligação ferroviária até São José dos Campos. O local conta com um entrocamento para ma via férrea que vai em direção ao Rio de Janeiro.
A chamada Variante do Parateí, que foi inaugurada em 1952 entre as estações de Manoel Feio e de São José dos Campos, encurtava o trecho equivalente do ramal de São Paulo original em 11 km, o que a tornou aos poucos mais atraente para os trens de carga e de passageiros.
As estações existentes no trecho entre Manuel Feio e São José dos Campos foram utilizadas pelos trens de passageiros entre os anos de 1957 e 1978. A ferrovia tinha estações em Itaquaquecetuba, Mogi das Cruzes, Guararema, Jacareí, e claro, São José dos Campos. O trecho entre Itaqua e São José é de cerca de 60 km.
Atualmente a ferrovia é usada para o percurso dos trens cargueiros da MRS. Até 1998 abrigava o trem de Prata, entre São Paulo ao Rio de Janeiro.
É estudado a volta de atendimento de passageiros no eixo São Paulo e São José dos Campos, no projeto do Trem Intercidades. Mas o eixo não é considerado prioritário.
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