O corte em investimentos para o ano de 2016 também deve atingir os trens da CPTM, além de obras do Metrô de São Paulo.
Segundo levantamento feito pela imprensa, entre eles o da TV Globo, o governo do estado de São Paulo vai reduzir em R$ 350 milhões os investimentos de modernização da CPTM no ano de 2016, de acordo com proposta do Orçamento enviada pela gestão Geraldo Alckmin à Assembleia Legislativa, representando uma redução de 45%, segundo estas projeções.
O Governo estadual, no entanto, contesta os dados, levando em conta as aquisições de trens e obras de expansão e modernização. As obras de modernização estarão mantidas, segundo ainda a administração estadual. Entre os motivos da redução está a queda na arrecadação. Algumas obras de reconstruções de estações também estão atrasadas, por conta de atrasos de recursos do governo federal.