As composições da Série 3000 da CPTM começaram a ser desmontadas após terem sido arrematadas em leilão realizado em 12 de dezembro de 2025. Imagens publicadas pela página Trilhos que Movem SP mostram o processo de desmanche dos trens.
Ao todo, cinco unidades foram comercializadas como sucata, depois de permanecerem aproximadamente quatro anos fora de serviço. A última circulação ocorreu em fevereiro de 2021. Meses mais tarde, o contrato de manutenção assinado com a Alstom, em dezembro de 2018, foi encerrado, e a própria CPTM assumiu os trabalhos de manutenção, conforme lembrou o perfil.
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No início da operação, a Série 3000 integrou o serviço denominado “Integração Centro”, iniciativa que conectava diferentes linhas da malha ferroviária com a proposta de minimizar a superlotação em estações estratégicas da região central, como Brás, Luz e Palmeiras-Barra Funda.
Depois, as composições passaram pela Linha 9-Esmeralda e, posteriormente, foram deslocadas para a Linha 7-Rubi, onde seguiram em atividade até a entrada em operação dos trens mais modernos das séries 8500 e 9500. Com a renovação da frota, acabaram retiradas da Linha 7.
Em outubro de 2016, uma das unidades foi flagrada em testes na Linha 10-Turquesa, no serviço Expresso Linha 10, utilizando via exclusiva entre as estações Prefeito Celso Daniel–Santo André, São Caetano do Sul–Prefeito Walter Braido e Tamanduateí. Já em 2017, os trens passaram a operar no percurso entre Rio Grande da Serra e Brás e, em abril de 2019, uma composição chegou a atuar no serviço expresso semanal Linha 10+.
