Embora seja classificada como uma linha de trem metropolitano, a Linha 9-Esmeralda guarda semelhanças operacionais com os sistemas de metrô, apresentando estações mais próximas em trechos de grande movimento e intervalos que chegam a quatro minutos entre os trens. Esse perfil fez com que o ramal, que hoje conecta Osasco à estação Varginha, entrasse no radar para ser absorvido pela Companhia do Metropolitano de São Paulo (Metrô).
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A proposta constava no Plano Integrado de Transportes Urbanos (PITU 2020), elaborado em 2005. Naquele período, quando os ramais ferroviários ainda eram identificados por letras, a atual Linha 9 era designada como Linha C-Celeste.
O relatório sugeria a “modernização da linha Sul da CPTM entre Osasco e Jurubatuba” para ser incorporada como a “Linha 7 – Celeste do Metrô”. No mesmo levantamento, a Linha 6 era projetada como um serviço expresso entre Guaianazes e Barra Funda, plano que também acabou sendo alterado posteriormente.
Com a mudança nas diretrizes do governo paulista ao longo dos anos, a tarefa de modernizar o trecho permaneceu com a CPTM. Mais tarde, a operação do corredor foi repassada ao setor privado por meio de concessão, estando hoje sob a responsabilidade da concessionária ViaMobilidade.