Em 16 de janeiro de 1999, partiu de São Paulo o último trem de passageiros com destino ao interior, passando por Sorocaba. Passados 27 anos, voltam a existir estudos para a reativação do serviço por meio do projeto Trem Intercidades – eixo oeste, cujo leilão pode ocorrer ainda neste ano.
Na década de 1990, o serviço ligava São Paulo a Presidente Prudente, com paradas em Sorocaba, Botucatu e Bauru. Durante grande parte de sua trajetória histórica, a ferrovia ficou conhecida como Sorocabana.
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Conforme o site Estações Ferroviárias, a Estrada de Ferro Sorocabana foi criada em 1872, e o primeiro trecho entrou em operação em 1875, chegando até Sorocaba.
A linha principal avançou até 1922, quando alcançou Presidente Epitácio, às margens do rio Paraná. Antes disso, a ferrovia já havia implantado diversos ramais e passou por mudanças de controle e processos de fusão: em 1892, foi incorporada pelo governo à Ytuana, que atravessava dificuldades financeiras.
Em 1903, a administração passou para o Governo Federal e, dois anos depois, em 1905, foi transferida ao Governo do Estado de São Paulo. Em 1907, a operação foi arrendada ao grupo de Percival Farquhar, período em que as linhas da Ytuana foram definitivamente incorporadas à Sorocabana. Em 1919, o controle voltou ao governo paulista, após a crise do grupo arrendatário.
Essa situação se manteve até 1971, quando a Sorocabana foi uma das ferrovias que deram origem à FEPASA.
O trecho inicial, que primeiro chegava a Mairinque e depois passou a terminar em Amador Bueno, passou a atender principalmente os trens suburbanos a partir da década de 1920. Com a criação da Companhia Paulista de Trens Metropolitanos em 1994, esse segmento passou para a administração da empresa.
Os trens de passageiros de longa distância circularam pela linha-tronco até 1999, quando o serviço foi encerrado pela concessionária Ferroban, sucessora da Fepasa. Atualmente, a ferrovia segue ativa em alguns trechos para o transporte de cargas, enquanto outros permanecem sem operação — como o segmento entre São Paulo e Sorocaba.