A operadora de trens de carga, a MRS, deve promover a segregação dos serviços cargueiros e de passageiros nasa regiões metropolitanas de São Paulo e Jundiaí, para aumentar a eficiência no transportes de produtos e de passageiros. Trata-se de uma das contrapartidas que estão a cargo da operadora após a renovação da concessão da malha em que atua.
Entre Jundiaí e Rio Grande da Serra, trens de carga e de passageiros compartilham os espaços. Haverá uma via segregada para trens de carga entre Rio Grande da Serra e Brás, e Barra Funda e Jundiaí. Neste segundo segmento, haverá a disponibilização de uma via para o Trem Intercidades. Serão ao todo 91 km de novas linhas.
A segregação sudeste terá 35 quilômetros entre Rio Grande da Serra e Brás, enquanto a noroeste terá 56 km de segregação, contando um novo túnel de dois quilômetros em Botujuru.
Serão quase 20 km de remanejamento de vias da CPTM para a segregação entre os serviços, conforme vídeo postado pela operadora:
