Era para ser chamada de “Duque de Caxias”, mas em 10 de dezembro de 1983 era entregue Santa Cecília, mais uma parada da linha Leste-Oeste, que mais tarde seria chamada de 3-vermelha. A Estação surgiu no segundo projeto da ligação Leste-Oeste, realizado entre 1973 e 1978, substituindo a estação projetada Duque de Caxias. Projetada pelo arquiteto Roberto MacFadden, suas obras foram contratadas pela Companhia do Metropolitano de São Paulo junto à construtora Engenharia, Comércio e Indústria S/A (ECISA), em 1980.
O fato histórico foi lembrado pelo Metrô em suas redes sociais, em uma postagem do estilo TBT:
O #tbt de hoje é para alegrar nossos queridos “santa ceciliers”. Inaugurada em 10/12/1983, a estação Santa Cecília fica próxima do Minhocão, da Santa Casa, de prédios antigos e locais boêmios. Um brinde de café gelado à Santa Cecília! Vida longa às sambais e ao chão de taco🥳 pic.twitter.com/gZRygtdpfK
— Metrô de São Paulo (@metrosp_oficial) December 10, 2020
A parada é subterrânea com mezanino de distribuição e plataformas laterais com estrutura em concreto aparente e aberturas para iluminação natural.
Conta com acesso para pessoas portadoras de deficiência física. Não possui escadas rolantes; seu acesso é feito por rampas nas entradas e internamente por escadas normais, porém bem acessível para cadeirantes por um elevador especial.
Tem uma capacidade de até 20.000 passageiros por hora nos horários de pico, e uma área construída de 10.680 metros quadrados.