Diferentemente do Metrô, a CPTM não possui um, mas 3 sindicatos distintos. Esta divisão se dá pelo históricos das linhas.
Nas linhas 7 – Rubi (Jundiaí – Luz) e 10 – Turquesa (Rio Grande da Serra – Brás) o Sindicato dos Trabalhadores em Empresas Ferroviárias de São Paulo representa os trabalhadores destes ramais, que trata-se da malha da antiga São Paulo Railway, criada no século 19, da qual os trilhos e estações foram posteriormente incorporados à CPTM na Região Metropolitana de São Paulo. A ferrovia foi a primeira estrada de ferro construída em solo paulista, entre 1862 e 1867 por investidores ingleses ligando Jundiaí a Santos, transportou durante muito anos – até a década de 30, quando a Sorocabana abriu a Mairinque-Santos – o café e outras mercadorias, além de passageiros Em 1946, com o final da concessão governamental, passou a pertencer à União sob o nome de E. F. Santos-Jundiaí (EFSJ). O nome pegou e é usado até hoje, embora nos anos 70 tenha passado a pertencer à REFESA, e, em 1997, tenha sido entregue à concessionária MRS, que hoje a controla. O tráfego de passageiros de longa distância terminou em 1997.
Já nas linhas 8 – Diamante (Itapevi – Júlio Prestes) e 9 – Esmeralda (Grajaú – Osasco) quem representa os ferroviários é o Sindicato dos Trabalhadores em Empresas Ferroviárias da Zona Sorocabana. Trata-se das linhas da antiga Fepasa herdada posteriormente pela CPTM. A E. F. Sorocabana foi fundada em 1872, e o primeiro trecho da linha foi aberto em 1875, até Sorocaba. A linha-tronco se expandiu até 1922, quando atingiu Presidente Epitácio, nas margens do rio Paraná. Antes, porém, a EFS construiu vários ramais, e passou por trocas de donos e fusões: em 1892, foi fundida pelo Governo com a Ytuana, na época à beira da falência. Em 1903, o Governo Federal assumiu a ferrovia, vendida para o Governo paulista em 1905. Este a arrendou em 1907 para o grupo de Percival Farquhar, desaparecendo a Ytuana de vez, com suas linhas incorporadas pela EFS. Em 1919, o Governo paulista voltou a ser o dono, por causa da situação precária do grupo detentor. Assim foi até 1971, quando a EFS foi uma das ferrovias que formaram a estatal FEPASA.
Nas linhas 11 – Coral (Estudantes – Luz) e 12 – Safira (Brás – Calmon Vianna) é o Sindicato dos Ferroviários da Central do Brasil, que alberga os funcionários. Como o próprio nome diz, representa as antigas linhas da ferrovia central do Brasil. A ferrovia foi construída em 1869 por fazendeiros do Vale do Paraíba a E. F. do Norte (ou E. F. São Paulo-Rio), que abriu o primeiro trecho, saindo da linha da SPR no Brás, em São Paulo, e chegando até a Penha. Em 12/05/1877, chegou a Cachoeira (Paulista), onde encontrou-se com a E. F. Dom Pedro II, que vinha do Rio de Janeiro e pertencia ao Governo Imperial, constituída em 1855 e com o ramal, que saía do tronco em Barra do Piraí, Província do Rio. A inauguração oficial do encontro entre as duas ferrovias se deu em 8/7/1877, com festas. Em 1889, com a queda do Império, a E. F. D. Pedro II passou a se chamar E. F. Central do Brasil, que, em 1896, incorporou a já falida E. F. do Norte, com o propósito de alargar a bitola e unificar as duas linhas. O primeiro trecho ficou pronto em 1901 (Cachoeira-Taubaté) e o trecho todo em 1908. Em 1957 a Central foi incorporada pela RFFSA. O trecho entre Mogi e São José dos Campos foi abandonado no fim dos anos 1980, pois a construção da variante do Parateí, mais ao norte, foi aos poucos provando ser mais eficiente. Em 31 de outubro de 1998, o transporte de passageiros entre o Rio e São Paulo foi desativado, com o fim do Trem de Prata, mesmo ano em que a MRS passou a ser a concessionária da linha. O transporte de subúrbios, existente desde 1914 no ramal, continua hoje entre o Brás e Estudantes, em Mogi e no trecho D. Pedro II-Japeri, no RJ. (Com as informações de Estações Ferroviárias)
